En el marco del funcionamiento de MERCOSUR SALUD existen dos instancias que agrupan a todas las actividades del sector.
El Subgrupo de Trabajo 11 (SGT 11) dependiente del Grupo Mercado Común (GMC), y la Reunión de Ministros de Salud del MERCOSUR y Estados Asociados (RMS), dependiente del Consejo Mercado Común (CMC)